永历十六年十一月，朱慈煊移跸昆明，复昆明为云兴府，殓永历帝后衣冠，筑陵西山。十二月，朱慈煊于滇京登基，改元昌武，以明年为昌武元年，大赦天下。
又任命各部院堂官，基本搭起了朝廷的架子，但是朱慈煊没有任命阁臣，而是重开五军都督府，李定国任天下兵马都元帅，赐尚方宝剑。以吴三省那嵩功大，加吴三省兵部尚书，封那嵩忠勇侯，有功者人人升赏。清点府库，得银四百七十余万两，朱慈煊命各兵人人赏银十两，军官等而加之，一下子便支出上百万两，至于士兵能不能拿足十两，朱慈煊目前还控制不了。
此时，明军格局已翻天覆地，目前明军军头众多，只是名义上受晋王节制，他这个皇帝便举重若轻起来，只要不损害这些军头的实际利益，他们在明面上给予了朱慈煊足够的尊重。加上李定国这个最大股东精忠事君的情况下，朱慈煊逐渐能够行使皇帝的真正权力。
他任命晋王系官员江国泰为户部尚书，工部尚书。厚葬总兵高应凤，封其幼子为益阳侯，其所部士兵，得生者不足二百，无论死生，皆如高总兵所诺，赏银百两。复祈三升咸阳侯，仍领旧部。
各地降卒三万余人，除了编入各军外，征求晋王之意后，拣选精壮三千，以高应凤残部为骨干，组建天子亲卫，以沐云马延分任左右卫指挥史，除了兵甲全部精良外，李定国还特意拨过来火铳一千门，其中五十门还是购自外夷，专门装备吴三桂家丁的自生火铳。
滇京光复后，明军开始按月计饷，月俸每兵一两六钱，将官不等。如此，土司兵除外，明军在册近五万，月饷达十万两。
腊月，贵妃索林卓玛生大皇子朱和垣，册封皇贵妃。划拨无主之地，以供皇贵妃随行族人耕种安家。
明永历十六年，清康熙元年末，清廷得知吴三桂兵败的消息，大为震动。削去吴三桂亲王衔，降为平西王，罚俸一年，撤其节制云贵之权。又令四川总督李国英统川贵赣三省兵马，剿灭叛军，擒杀伪帝。占据川东鄂西的夔东义军，获得喘息之机，免遭覆灭命运。
昌武元年，散落在云贵的各路义军，陆续来投，明军忙着招兵扩军，整训士卒。清军则转运粮草辎重，集结兵马。双方互不侵犯，进入短暂的停战，但内心都很清楚，这是暴风雨来临之前平静。
明廷也恢复了每日的朝议，礼制如前，所有奏折，军政相关的一律先送五军府先议，议出结果后，重大事项送朱慈煊御批生效，其余则李定国可以自行处置。因此朱慈煊可以说是相当空闲的。
朱慈煊虽然贵为皇帝，但是和其他穿越者比起来，行动多有不便，那么多眼睛盯着，连出宫都不容易。即使有些想法，但是如果过于新奇，自己没有力排众议的实力，说话不可能管用。这一年多耳濡目染，朱慈煊收获颇丰，同时也看到军队和朝制多有弊端。但是他也明白，制度改革非一朝一夕，更不是大明目前的处境可想的，生死存亡之际，对大明这条破船大刀阔斧的改革只会加速它的沉没，更别说他也没有推行改革的力量。
重建不行，朱慈煊还是决定能够在细微处修修补补，能让这艘船晚沉一天也好。