佐助功过相抵，鸣人成了忍界英雄，而飞鸟却音讯全无，除了天天没人知道他做了什么。
一年，两年，三年，就连鸣人都在整个忍界的祝福中与雏田结婚了，飞鸟依然没有出现。就连老妈野原岚、小姨猿飞红也开始怀疑飞鸟是否还活着，甚至中山风都询问要不要在“根”专属的墓地给飞鸟立一块墓碑，最后被天天否决了。
如今忍界和平，五大隐村携手共进，木叶已经展露出蓬勃发展的趋势，被带土毁掉的区域变成了整洁的街区。飞鸟的家也毁在那次动荡中，如今他不在，清子和小豚被野原岚接走，那里变成了孩童玩耍的草地。
至于“根”的武装力量，最终还是被取缔了，是纲手卸任前下的最后一道命令。团藏死了，飞鸟失踪，打胜第四次忍界大战的纲手声威正隆，没人反对。
纲手心里很清楚，“根”只能由她解散，飞鸟统领下的“根”早已超越团藏时期，为了不让继任的卡卡西为难，这个恶人只有她能做。用她的原话就是，“谁有意见就让他来找我！”。这里的他无疑是指飞鸟，其他人的意见不好使，能忍就忍着，不能忍也要忍着。
不过，“根”好歹在这次忍界战争中立下大功，何况还要顾及飞鸟的面子，所以木叶也没做太过分的事。
“根”的名号依然保留，飞鸟一直以来大力发展科研，所以“根”有完善的生化、机械、术法、忍具研发部门，纲手就干脆把“根”改组成一个纯粹的科研基地，由静音负责，即达到了目的又不浪费资源。
某种意义上说，“根”的改变是好事，木叶之根变成科技之源，从黑暗走进阳光，被更多普通人知晓。
而其它部门的部分精英被吸收到火影直属暗部，剩下的想加入常规小队或是自行组建任务小队都可以，不想再为木叶出力也可以选择离开。
原本就是木叶忍者的“根”成员还好，基本都选择了继续为木叶效力，毕竟这里是他们的家。而其他地方吸收来的忍者就只有一半选择留下，剩下的也没乱跑，被夕日怜带去了花隐村。据说是纲手授意的，毕竟“根”成员掌握的东西能不外泄还是不外泄的好。
因为参与了第四次忍界大战，花隐村在短短几年时间就发展成了中型隐村，五影看在花隐村的功绩上，认可了花影的称号。第一任花影不是一直统领花忍的慎太郎，而是夕日怜，一是慎太郎不喜欢抛头露面，二也因为从“根”来的忍者。只有怜这个飞鸟的婢女才能得到两方认可。
花隐村和其它隐村不一样的地方是更加包容，成员本来就来自五湖四海，共同建立一个属于自己的家。商业蓬勃发展，属于花隐村的独特文化逐渐形成。熊山和鬼衣这两个不甘寂寞的家伙干脆在忍村中建立了一座金刚院，要不是结奈盯着估计都直接建寺庙了。
不过因为金刚院的出现，渐渐渗入花隐村的凡宗受到了节制，毕竟忍村还是以武为尊的，凡宗针对的更多是底层民众。
如今凡宗已经向着菜之国周边国度蔓延，根据飞鸟不传教、不建庙的原则，凡宗一直以苦行僧的形象出现，铺桥搭路、治病救人。因为这样严于律己、善以待人的方式，真正有毅力加入凡宗的并不多，却赢得了底层民众的拥戴。
有不少人被凡宗感染，自发向上、改善生活，甚至他们都不知道凡宗信仰的是什么，这些人就是凡宗布衣，普通信众。而真正明白凡宗意义的却不多，不游历时这些人住在一个叫苍山的荒山上，被称作凡宗麻衣，分为一到四叶，整个凡宗只有红树一个四叶麻衣。
当然，也不是所有人都喜欢凡宗，善意有时候会触动一些人的利益。一场针对凡宗的阴谋上演，苍山被围攻，实力最强的红树被伪装成信徒的忍者偷袭昏迷，只剩被飞鸟赐下理性之眼的稻垣悠斗苦苦支撑。
“神，如果你真的存在，请帮帮我们吧